為收容人健康著想，本著預防重於治療之原則，除平日注意環境清潔與飲食衛生外，各場舍、炊場、水溝等並定期消毒。

1. 疾病醫療：
   •  辦理全民健康保險提供保險對象收容於矯正機關者醫療服務計畫，由台東馬偕醫院團隊資源承作，辦理監內醫療門診。收容人如有受傷或罹患疾病，有醫療急迫情形，或經醫師診治後認有必要，辦理戒送醫療機構或病監醫治。
   • 經前條醫治方式後，仍不能或無法為適當之醫治者，參酌醫囑後陳報辦理保外醫治。
2. 預防保健：
   • 新收：新入監於一週內由機關醫事人員辦理辦理「基本資料」、「一般生理檢查」、「病史調查」、「飲酒、尼古丁及檳榔使用調查」、「疫區旅遊調查」及「相關手冊(診斷書)持有情形」等；「理學檢查」、「物質濫用史」及「妊娠紀錄」等由醫師問診與記錄。
   • 在監：依監獄行刑法第55條及監獄及看守所收容人健康資料調查辦法第6條規定辦理定期健康評估。
   • 衛生教育：不定期舉辦機關職員及收容人衛生教育。預防篩檢：監內辦理年度成人健康檢查及口腔癌症篩檢。
3. 篩檢：
   • 性傳染病篩檢：依衛生福利部「愛滋防治工作手冊」第貳章「愛滋病毒(HIV)檢驗及諮詢服務」辦理新收收容人（新收1個月內）實施HIV檢驗（新收檢驗）。
   • 肺結核篩檢：依衛生福利部「結核病防治工作手冊」第7章「特定場域、身分個案防治重點」辦理：每月一次新進收容人胸部光篩檢、每年一次全部收容人之例行性胸部光篩檢、每月體檢之胸部光檢查，並將結果主動提供地方衛生局。
   • 毒品尿液篩檢：依「特定人員尿液採驗辦法」及「法務部矯正署所屬矯正機關辦理特定人員尿液採驗作業要點」辦理在監尿液檢驗、不定期尿液檢驗及懷疑尿液檢驗。
4. 傳染病防治：依長期照護矯正機關（構）與場所執行感染管制措施及查核辦法落實辦理監內傳染病防治各項措施並定期接受查核。
5. 飲食衛生：依食品良好衛生規範準則辦理食品從業人員任用前及年度相關傳染性疾病檢查。
6. 其他：辦理各項衛生教育，含感染管制、愛滋病防治、高齡保健、用藥安全、病媒防治、糖尿病保健等。
7. 通報：監獄行刑法第142條及精神衛生法規定辦理精神病出監通報。